中国疾控中心的定位是“以科研为依托，以人才为根本，以疾控为中心”，以“一流的疾控依赖一流的科研，一流的科研推动一流的疾控”为目标，自主创新，提升能力，注重前沿，把握机遇。自2002 年成立以来，科研能力得到极大提升，共获准科研课题近千项，年度获准课题数从60 余项增加到156 多项，共获科研经费28.58 亿元。科研工作为重大传染病防控、救灾防病等一次次重大突发事件和奥林匹克运动会、世博会等各项重大卫生保障工作提供了坚强的支撑，保障了人民健康。十余年间，中心共获得各类奖项168 项，其中，国家科技奖 4 项，省部级奖164 项。共发表论文 14892 篇，其中中文11502 篇，英文文章3390 篇。英文文章发表数量显著增加，年度发表数量增长25 余倍。目前，中国疾控中心有国家重点实验室 1个，国家卫生计生委重点实验室 3 个，中心重点实验室 3 个。